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Die Warnung ist die Zweite Folge der Ersten Staffel.

Handlung

Auf einem Luftwaffenstützpunkt verschwindet ein Testpilot. Seine Frau ruft das FBI zu Hilfe. Kurz darauf taucht der Pilot wieder auf, doch er hat sich stark verändert. Mulder verdächtigt das Militär, heimlich Versuche mit UFO-Technologien durchzuführen.